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論文を出しました
大学で研究をやっていることになっているので、論文を出してみました。ヒトの細胞には、2万数千の遺伝子があって、そこから10万種類くらいのタンパク質が作られるということになっていますが、これらが超複雑に相互作用して、生体の仕組みが成り立っています。最近の生物学の実験手法では、これらの遺伝子の細胞内での量の変化を一度に捉えることができますが、実験の結果を解釈するのも一苦労です。そこで、これをネットワーク科学の側面から支援する方法を作ってみたというのがその内容です。アルゴリズムは一応実装してあって、PythonとC++を使っていて、Bitbucketに置いてみました。
PythonとC++を連携したいと思っていながら、今回の実装は、結局Pythonのスクリプトから別のプロセスとして起動していたりして、あんまり綺麗じゃ無いですが、最近はこのNumbaというのが気になっています。LLVMでNumpy高速化ということで、個人的にはかなりわくわくしています。とある大先生に紹介したら、「いつか来た道って感じだねー」と冷静に返されてしまいましたが・・・。繰り返し計算が速くなると、私にとってPythonの唯一の欠点が無くなるので、期待しています。
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テーマ:研究者の生活 - ジャンル:学問・文化・芸術

【2012/09/25 13:43】 | 研究 | トラックバック(0) | コメント(0) | page top↑
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