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rpy2でFisher's Exact Test
もはやただのメモです。
Pythonからrpy2を通じてRを呼んで、Fisherの正確確率検定の結果を得るサンプルコードです。


import rpy2.robjects as robj

v = robj.FloatVector([12,29,5,2])
m = robj.r['matrix'](v, nrow = 2)
'''
print(m)
     [,1] [,2]
[1,]   12    5
[2,]   29    2
'''
robj.globalenv["m"] = m
f_res = robj.r('fisher.test(m)')
print(f_res)


　　　　Fisher's Exact Test for Count Data

data: m
p-value = 0.08027
alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1
95 percent confidence interval:
0.0145125 1.2310048
sample estimates:
odds ratio
0.1726692


ちなみに、こんなモジュール見つけてしまいましたが、rpy2快調なのでしばらくこれで。



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テーマ:数学 - ジャンル:学問・文化・芸術

【2012/08/17 17:46】 | Python | トラックバック(0) | コメント(0) | page top↑
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