スポンサーサイト
上記の広告は1ヶ月以上更新のないブログに表示されています。
新しい記事を書く事で広告が消せます。
【--/--/-- --:--】 | スポンサー広告 | page top↑
IPython notebookの設定
ipython notebook inline --pylabが便利です。Webブラウザから利用出来るので、サーバで実行して別のマシンから接続したくなりますが、そのままでは、127.0.0.1からの接続しか許してくれないので設定が必要です。
まとめてくれている人を見つけましたので、メモっておきます。
ひとつだけ、anaconda1.6で入れた場合、設定ファイルのパスが、~/.config/ipython/profile_myserver/です。
ipython notebookは、予想以上に使い心地がよいので、普及に貢献していきたいです。
スポンサーサイト

テーマ:プログラミング - ジャンル:コンピュータ

【2013/07/17 10:42】 | Python | トラックバック(0) | コメント(0) | page top↑
rpy2でJonckheere-Terpstra(ヨンクヒール・タプストラ)検定
たとえば、「無治療、ちょっと治療、ちゃんと治療」のように、3個以上のカテゴリに順序があるとき、これらの群間で数値にトレンドがあるかどうかを検定する方法に、Jonckheere-Terpstra(ヨンクヒール・タプストラ)検定という方法があります。詳しくは、Rを使った実例や、Wikipedia(英語)などを参考にしてください。Rにあるのに、scipy.statsに無く、大学の図書館に、この本があったので、Pythonで実装しようかと思ったのですが、面倒になってrpy2を使ってしまいました。数値データは、本の中から引用しています。

robj.r('library(SAGx)')
import rpy2.robjects as robj
v = robj.FloatVector([133,139,149,160,184,111,125,143,148,157,99,114,116,127,146])
l = robj.FactorVector([1,1,1,1,1,2,2,2,2,2,3,3,3,3,3],ordered=True)
robj.globalenv["v"] = v
robj.globalenv["l"] = l
_res = robj.r('JT.test(v,l,alt="decreasing")')
print(_res)

Jonckheere-Terpstra

data: v by l
J = 59, p-value = 0.01156
alternative hypothesis: decreasing: 1 > 2 > 3

事前にRのパッケージのインストールが必要です。
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("SAGx")
とすれば行けると思いますが、手元の環境ではちょっとエラーが・・・。ま、動いているからいいか。

テーマ:プログラミング - ジャンル:コンピュータ

【2013/07/11 10:08】 | データ解析 | トラックバック(0) | コメント(0) | page top↑
rpy2のインストールに失敗しgccを刷新
anacondaで、なんでもいっぺんにインストールされると大喜びしていたのですが、時々こんな感じで使っている、PythonからRを呼ぶことができる、rpy2が含まれていないことに気がつき、早速pipするも、gccがエラー。原因を究明するのもこの歳だと面倒だなーと思いつつ、/からfind . -name gccとかやると、出るわ出るわ。何度もOSアップグレードしたりしてるから仕方ないのかなとか思いつつ(ちなみに最近買ったMacBookAirではXcodeのgccで素直に入りました)、探していたら良いのがありました。OSX GCC Installer、Xcodeの重厚長大さにちょっと嫌気が指しているひとが、作ってくれたようです(ここ)。まずは思い切って全消去。アプリケーションフォルダから、Xcodeをゴミ箱に捨てた後、(ちなみにこの時点でApp StoreがXcodeのアンインストールに気がつきます。ちょっとキモイ)
sudo /Developer/Library/uninstall-devtools -mode=all
なんか、変なディレクトリもあったので、もう一回
sudo /Developer-old/Library/uninstall-devtools -mode=all
これでめでたく、gccと打っても、「なにそれ?」と言われる状態になるので、ダウンロードしたOSX GCC Installerを実行。/usr/bin/gccから小綺麗になったgccを実行できます。
めでたく、rpy2のpipにも成功。今回はあんまり関係ないけど、やっぱりpython最高です。

テーマ:プログラミング - ジャンル:コンピュータ

【2013/07/04 17:05】 | Python | トラックバック(0) | コメント(0) | page top↑
| ホーム |
上記広告は1ヶ月以上更新のないブログに表示されています。新しい記事を書くことで広告を消せます。