なんでもかんでも背景が黒ければいいというものではありませんが、やはりプログラムを書くというような、ずっと画面を見ている作業には、黒背景がいいかなと思います。
ipython notebookの背景を変えるには、まずprofileを作ります。

ipython profile create myserver

そうすると、以下のようなディレクトリができるので、custom.cssをたとえば、こんなサイトから持ってきて、差し替えます。（ちなみに、このサイトのOcean darkをつかっています。）

~/.ipython/profile_myserver/static/custom

起動するときは、以下の様に、プロファイルを指定します。

ipython notebook --profile=myserver

手元のMacでは、これでは上手くいかないように見えたので、こっちを差し替えました。
~/.ipython/profile_default/static/custom

この大元を変えると、profileは指定しないで起動できるので、常時変更してよければ、defaultを変えてしまうのが楽かも。