ものすごい沢山のデータポイントを単純に2次元にプロットすると、あんまり意味がない散布図が出来上がってしまうので、そんなときには2次元ヒストグラムが便利です。ipython --pylabなどとして起動して、

from matplotlib.colors import LogNorm
clf()
figsize=(10,10)
subplot(1,1,1,aspect=1)
hist2d(x,y,(200,200),norm=LogNorm())
colorbar(shrink=0.78)

aspect=1とすることで、散布図の縦横比がcolorbarを加えたあとも崩れません。もとのデータの性質にもよりますが、頻度をlogで表示したほうが画がそれっぽく見えますが、このあたりは印象操作もできそうでちょっと危険です。colorbarは、shrinkの引数で少しサイズを小さくしています。出来上がりはこんな感じです。